Инспекция требует, чтобы убрали из отчетности сомнительные вычеты НДС.

Инспекция для профилактики также высылает уведомления о том, что не сформирован источник вычетов НДС. Инспекция может утверждать, что запросила контрагента и он не ответил по встречке. Вычеты не подтверждены, поэтому вы должны от них отказаться.
Верить налоговым инспекторам на слово опасно, особенно когда они по телефону ставят под сомнение ваших партнеров. При этом то, что инспекторы запрашивали информацию у контрагентов, может оказаться выдумкой. Что делать в этом случае:
Сообщите инспектору, что сами узнаете у поставщиков, почему они не ответили. Вполне возможно, что поставщик мог не получить требование по встречной проверке. Тогда надо попросить контрагента перепроверить входящую корреспонденцию и, если письмо не дошло, выяснить причину.
Не отказывайтесь от вычета, если уверены в контрагенте. Без причины поддаваться на уговоры Инспекции не стоит.

Инспекция заставляет сдавать лишние декларации.

Инспекции могут необоснованно обвинять вас в том, что вы не сдали декларацию, когда вы не плательщик налога или у вас нет объекта налогообложения.
Например, декларации по имуществу представляют только те, у кого на балансе есть недвижимое имущество. Сдавать декларацию не нужно, если у вас только движимое имущество (п.1 ст. 373, ст. 374 НК РФ). Поэтому нужно пояснить инспекторам, если они требуют отчитаться, что у вас такой обязанности нет, дайте письменное пояснение.
Если согласиться и направить «нулевку» по окончании срока сдачи, то вас оштрафуют на 1000 руб. (п.1 ст. 119 НК РФ). Чтобы отменить штраф, потом придется доказывать, что вы не обязаны были отчитываться.

В Инспекции иногда путают даты уплаты НДФЛ

Инспекция еще сама нечетко понимает, как заполнять новый расчет по 6-НДФЛ. Иногда в этом виновата программа, она может не принять правильно составленный расчет.
Например, в отчетности 6-НДФЛ необходимо указать, что налог с зарплаты перечисляют либо в день, когда ее выдали, либо на следующий рабочий день, а налог с отпускных и больничных платят до конца месяца (п.6 ст. 226 НК РФ). В поле 021 нового расчета надо записать дату, не позднее которой требуется перечислить налог (приказ ФНС России от 15.10.2020 №ЕД-7-11/753@).
Если бы в описанной ситуации сроки уплаты НДФЛ с отпускных указать как общие, то Инспекция может оштрафовать вас на 500 рублей за недостоверные сведения (ст. 126 НК РФ).

В Инспекции предлагают убрать убытки

В пандемию у вас достаточно аргументов, чтобы объяснить убытки. При этом Инспекция все равно настаивает, чтобы вы их не заявляли.
Переносить расходы текущего года на более поздний период чтобы скрыть убыток - опасно. Инспекция потребует признать расходы в том периоде, к которому они относятся (п.1 ст. 272 НК РФ). Если у вас убытки, то Инспекция требует план выхода из кризиса. Составлять такие планы вы не обязаны, но они могут помочь, если хотите избавиться от постоянных вопросов. В плане нужно описать то, как вы собираетесь перекрыть убытки будущей прибылью. Если придерживаться утвержденного плана, то Инспекция не будет спрашивать об убытках.

Инспекция требует изменить налоговую базу — включить суммы, которые туда попасть не должны

Например, вы - посредник на упрощенке, поэтому должны включать в доход только свое вознаграждение (пп. 1 п. 1.1 ст. 346.15, ст. 346.17 НК). Средства, которые поступают от покупателей, заказчиков или в счет возмещения расходов, не относят к доходам (пп.9 п.1 ст. 251 НК РФ). Но несмотря на это, Инспекция требует включить в доходы весь оборот по расчетному счету. Идти на поводу Инспекции не стоит. Когда инспекторы явно неправы, действуйте спокойно и корректно. Если нет понимания – обращайтесь к начальнику отдела или к руководителю инспекции. Как правило, удается решить проблему.

Компания "МШК-Тула" консультирует компании и индивидаельных предпринимателей вопросам общения с налоговой инспекцией и защите налогоплательшика при проверках. Запись на прием к налоговому консультанту.